机房精密空调具有高精度、反应灵敏、基于微处理器的控制系统，可以对外界环境的变化快速做出反应，从而保证环境变化保持在稳定环境所需的整定值范围之内。舒适性空调通常包括有限的基本控制系统，无法足够快速地做出反应，来保证所需的温度差。
机房精密空调空调通常采用高中效过滤器，使空气中的尘埃减至最少，而舒适性空调采用粗效过滤器，无法去除足够的尘埃颗粒;机房精密空调的设计时按照全面八千七百六十小时运转设计的，组件有冗余功能，这会大大提高可靠性，降低运行和运维的成本。
机房专用空调具有恒湿的功能，保护机房设备不会因为湿度过大而损坏。而舒适性空调并没有这个功能。舒适性空调的温差范围在 1℃ ，而机房精密空调的温差范围在 0.1℃ 甚至更高。机房精密空调中高效过滤器，保证了机房的无尘环境。 而舒适性空调，仅具备了低效过滤器。机房精密空调虽然初期投资要比舒适性空调高，但其终年无休的运行，可靠性相比舒适性空调要高好几个等级。
